Bwa herunterladen

Download: sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/ HI, ich habe die neueste bwa heruntergeladen (bereits mit bwa ). Ich habe versucht, `make` zu tun, um zu installieren, aber erhalten Sie einen Fehler, In Datei von bwtaln.h:6 enthalten, von bwaseqio.c:4: bwt.h:63: Fehler: erwartet Erzeichner-Qualifizierer-Liste vor âsize_tâ machen: *** [bwaseqio.o] Fehler 1 Bitte können Sie mir hier helfen. Ich weiß, dass dies eine Rezensionsseite ist, aber ich kann keinen Weg finden, die Nachricht in einem Forum zu posten. Danke. BWA ist ein Softwarepaket zur Kartierung von DNA-Sequenzen gegen ein großes Referenzgenom, wie das menschliche Genom. Es besteht aus drei Algorithmen: BWA-Backtrack, BWA-SW und BWA-MEM. Der erste Algorithmus ist für Illumina-Sequenz-Lesevorgänge von bis zu 100bp ausgelegt, während die restlichen zwei für längere Sequenzen von 70bp bis zu einigen Megabases reichten. BWA-MEM und BWA-SW teilen ähnliche Funktionen wie die Unterstützung von langen Lesevorgängen und chimäre Ausrichtung, aber BWA-MEM, das neueste ist, wird im Allgemeinen empfohlen, da es schneller und genauer ist. BWA-MEM hat auch eine bessere Leistung als BWA-Backtrack für 70-100bp Illumina liest. Anmerkung 2: Bei gekoppelten Endlesevorgängen müssen Sie jedes Ende (R1 und R2) separarely ausrichten: . Ausgezeichnete Software – unverzichtbar für viele Genomik-Anwendungen. wget bietet eine einfache Möglichkeit, dies zu tun, aber Sie können die Datei auch manuell herunterladen.

Intern verkettet BWA alle Referenzsequenzen in einer langen Sequenz. Ein Lesepunkt kann dem Knoten zweier benachbarter Referenzsequenzen zugeordnet werden. In diesem Fall kenntiert BWA-backtrack den Lesewert als nicht zugeordnet (0x4), aber Sie sehen Position, CIGAR und alle Tags. Ein ähnliches Problem kann auch bei der BWA-SW-Ausrichtung auftreten. BWA-MEM hat dieses Problem nicht. Diese Version fügt Option -q hinzu, um die Zuordnungsqualität der Geteiltausrichtung mit einem niedrigeren Ausrichtungswert als die primäre Ausrichtung beizubehalten. Option -5 gilt automatisch auch -q. BWA gibt identische Ausrichtungen zur vorherigen Version aus, es sei denn, Option -5 wird verwendet.

Illumina/454/IonTorrent-Single-End-Lesevorgänge länger als 70 bp oder Baugruppencontigs bis zu ein paar Megabasen, die einem eng verwandten Referenzgenom zugeordnet sind: Anmerkung 1: Indexerstellung muss nur einmal durchgeführt werden (der Index muss nicht für jeden Ausrichtungsauftrag neu erstellt werden). Für alle Algorithmen muss BWA zunächst den FM-Index für das Referenzgenom (den Indexbefehl) erstellen. Ausrichtungsalgorithmen werden mit verschiedenen Unterbefehlen aufgerufen: aln/samse/sampe für BWA-Backtrack, bwasw für BWA-SW und mem für den BWA-MEM-Algorithmus. Diese Version fügte ein paar kleinere Funktionen hinzu und integrierte mehrere Pull-Anforderungen, darunter: BWA ist ein Programm zum Ausrichten von Sequenzierungslesevorgängen an einem großen Referenzgenom (z. B.

関連記事

NO IMAGE

Abbreviation Agreement

NO IMAGE

99 Year Agreement Hong Kong

NO IMAGE

Rockstar games launcher herunterladen fe...

NO IMAGE

Musik download kostenlos youtube handy

NO IMAGE

Avira vollversion kostenlos downloaden c...

NO IMAGE

Caricom Multilateral Air Services Agreem...